Op 2 juli 1629 werd er door de Perdikherenkerk geschoten terwijl er de mis werd opgedragen. Gelukkig werd niemand van de aanwezigen gewond.
Op 3 juli was Jan Hendrikz op de zolder van het klooster bezig met het meten van koren, want het stadsbestuur wilde regelmatig weten hoe de voedselvoorraad er voor stond. Maar toen werd hij door een zware kanonskogel getroffen. Zijn been werd afgeschoten. Die zelfde dag overleed hij.

Op 4 augustus droeg bisschop Ophovius de mis op bij de Predikheren. Daarna volgde een druk bezochte processie.

Nadat de Dominicanen in 1629 de stad moesten verlaten, werd het klooster gesloopt en de grond verkaveld voor nieuwbouw, inclusief de aanleg van de Nieuwstraat en andere straten. De poort bestaat nog en is te zien als een kleine zijstraat aan het begin van de Hinthamerpromenade.

In 1481, bij de vergadering van de Orde van het Gulden Vlies, logeerde Maximiliaan van Oostenrijk in het klooster. Als dank voor de goede ontvangst bood hij de kloosterlingen een groot aantal boekwerken aan, ten behoeve van de nieuwe bibliotheek. De oude was verloren gegaan tijdens de stadsbrand in 1419.

Door de hervorming binnen het klooster gesterkt ging men de zestiende eeuw in. In tegenstelling tot de andere kloosterorden groeide het aantal kloosterlingen sterk. Het klooster bloeide weer op. Dat was waarschijnlijk ook de reden dat in 1566, bij de Beeldenstorm, de kloostergebouwen vernield werden: het klooster was een jaar onbewoonbaar en ook de kerk was geruime tijd onbruikbaar. Pas in 1572 werd het weer als zodanig in gebruik genomen, werd het slot weer ingevoerd.

Toen heeft zich waarschijnlijk ook de bekendste Dominicaan aan de poorten gemeld. Het was Michael van Ophoven die na de voltooiing van zijn studies tal van belangrijke functies kreeg en vanaf 1626 bisschop van Den Bosch was. In die functie maakte hij ook het Beleg mee.

In 1629 moesten de Dominicanen de stad verlaten. Het kloosterterrein werd verkaveld. Langszij en erachter werden drie nieuwe straten aangelegd: de Nieuwstraat, de Tweede Nieuwstraat (thans Sint Jozefstraat geheten) en de Hoge Nieuwstraat. Ongeveer drie en halve eeuw lang waren de Predikheren in Den Bosch gevestigd geweest. Zes eeuwen na hun vestiging herinnert de naam van het straatje ons nog aan deze Orde.