In Sint-Michielsgestel werd veel hop verbouwd voor de bierproductie. Het was er vaak niet veilig. Reeds ten tijde van de Gelderse Oorlogen werd de Meierij bij herhaling geteisterd door rovende benden die de bevolking terroriseerden.

Tussen 1565 en 1590 verdwenen in Sint-Michielsgestel (225 haarden in 1526) meer dan 80 vuursteden en woningen, buiten de schuren en schoppen.

In oktober 1579 vestigde de Spaansgezinde Haultepenne zich in het versterkte huis van Nieuw-Herlaar onder Sint-Michielsgestel als domicilie maar bleef er niet lang.

In juli 1587 werd Nieuw Herlaar ontruimd omdat het versterkt huis niet meer te beschermen was tegen de oprukkende Staatsen.

Op een lijst van de Staatsen uit 1592 staat dat Sint Michielsgestel 255 gulden betaalt om brandstichting en plundering te voorkomen.

De bodem vormde het kapitaal van de dorpelingen. Daarvan kwam hun inkomsten en het verschafte werk voor mede dorpsgenoten. In 1595 ging Stans Adriaensz (Molemaeckers) naar ‘s-Gravenhage om aldaar in „den Hove ende Rade van Hollant” te vragen om verlichting en kwijtschelding van de „maentelijcke contributie” Den Haag wou geld zien want anders zouden ze Sint Mischielsgestel in brand steken en plunderen.

Doordat in 1600 de Dieze weer was afgedamd, konden de Dommel en de Aa daar niet in afwateren. Dat leidde tot overstromingen dieper landinwaarts: in Den Dungen, SintMichielsgestel, Boxtel, Liempde, Esch, Berlicum, Schijndel, Heeswijk en zelfs Oirschot. Honderden paarden en runderen verdronken en het hooi bedierf.

In 1614 bevroor in Sint-Michielsgestel in een enkele nacht meer dan een derde van het graan.